W dniach 19-20 kwietnia 2023 r. odbyły się warsztaty dla szefów laboratoriów diagnostycznych Europejsko-Śródziemnomorskiej Organizacji Ochrony Roślin (EPPO). W spotkaniu wzięli udział przedstawiciele Kierownictwa Centralnego Laboratorium GIORiN.
Celem warsztatów była wymiana doświadczeń w zakresie stosowania sekwencjonowania o wysokiej przepustowości (HTS) jako narzędzia w rutynowej diagnostyce agrofagów oraz uczestnictwa i organizacji badań biegłości i porównań międzylaboratoryjnych. Warsztaty obejmowały dwie jednodniowe sesje poświęcone tym tematom. Każda sesja składała się z części teoretycznej, podczas której prelegenci przedstawili prezentacje oraz popołudniowych dyskusji w podgrupach.
Pierwszego dnia omówiono zagadnienia związane z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym (HTS), znanym również jako sekwencjonowanie nowej generacji (NGS). HTS jest jednym z najbardziej znaczących postępów w diagnostyce molekularnej od czasów pojawienia się metody PCR na początku lat 80-tych. HTS może potencjalnie wykryć obecność kwasów nukleinowych dowolnego organizmu w próbce, nie znając jej statusu fitosanitarnego. Metoda ta umożliwia szybkie sekwencjonowanie dużych odcinków par zasad DNA i RNA obejmujących całe genomy. Interpretacja uzyskanych danych HTS wymaga jednak zaawansowanych narzędzi statystycznych o dużej wydajności obliczeniowej. Zalecenie przygotowania technologii wysokoprzepustowego sekwencjonowania jako narzędzia diagnostycznego do celów fitosanitarnych zostało przyjęte przez Komisję ds. Środków Fitosanitarnych w 2019 r.
Drugiego dnia omówiono zagadnienia związane z uczestnictwem w badaniach biegłości oraz porównaniach międzylaboratoryjnych. Udział laboratoriów w badaniach biegłości stał się istotnym aspektem praktyki laboratoryjnej we wszystkich obszarach badań. Dane uzyskane w wyniku przeprowadzonych porównań międzylaboratoryjnych stanowią wartość dodaną w procesie walidacji metod badawczych. Badania biegłości są organizowane na przykład przez: Europejskie Laboratorium Referencyjne, Krajowe Laboratorium Referencyjne czy Instytuty Badawcze. W związku z tym, że liczba laboratoriów zajmujących się diagnostyką agrofagów jest stosunkowo niewielka, a liczba kombinacji agrofag/matryca/metoda badawcza jest bardzo szeroka, zorganizowanie badań biegłości dla wszystkich możliwych kombinacji jest istotnie ograniczone. Problem stanowi również brak dostępności odpowiedniej ilości materiału biologicznego (np. okazy owadów). W takich przypadkach zastosowanie mają tzw. sekwencyjne badania biegłości, polegające na tym, że próbka (np. preparat mikroskopowy) jest kolejno przekazywana od jednego uczestnika do następnego, a czasami jest przesyłana z powrotem do organizatora w celu ponownego sprawdzenia preparatu. Potwierdzenie uczestnictwa w badaniach biegłości stanowi również wymóg w procesie akredytacji zgodnie z normą PN-EN ISO/IEC 17025.
Obydwa bloki zagadnień mają ogromne znaczenie dla rozwoju Centralnego Laboratorium, które w coraz większym stopniu wykorzystuje techniki molekularne, a także rozszerza zakres posiadanej akredytacji, aby sprostać przepisom Unii Europejskiej oraz wykonywać badania na potrzeby dynamicznie rosnącego eksportu roślin i produktów roślinnych z Polski.
Źródło
Państwowa Inspekcja Ochrony
Roślin i Nasiennictwa
http://piorin.gov.pl/
